È difficile risalire all’origine di questo gatto. La sua storia, certamente molto antica, è sfumata tra realtà e leggenda. Alla possibilità di una sua discendenza da gatti europei, possiamo contrapporre la più circostanziata ipotesi di una origine orientale. In molti testi, dal 1500 in poi, sono menzionati gatti dal pelo grigio che vengono variamente indicati come gatti di Siria, di Cipro, di Malta, località queste, tutte strettamente collegate agli itinerari dei Crociati. Ecco quindi che l’arrivo di questi gatti dall’Oriente tramite i Crociati, diventa un’ipotesi concreta avvallata anche dalla sostanziale differenza tra il loro mantello e quello dei gatti domestici dell’Europa centrale.

Tra le diverse storie che accreditano l’origine del nome "certosino", vi è quella che narra di gatti grigi portati in Francia dai Templari; questi, al ritorno dalla Terra Santa, si ritiravano nel monastero della Grande Chartreuse per ritemprare lo spirito ed il corpo. In tempi di pestilenze e carestie, il gatto, abile cacciatore di topi, era un dono prezioso per i monaci certosini. La tradizione vuole che furono essi stessi ad allevare per primi questi gatti che divennero i custodi delle riserve alimentari e dei preziosi codici e manoscritti conservati nei conventi. Purtroppo però non vi è nessuna testimonianza negli archivi della Grande Certosa o di altri conventi che confermino questa suggestiva storia. Un’altra ipotesi, meno romantica della prima, fa derivare il nome di certosino dalla somiglianza del suo pelo con una pregiata lana spagnola morbida e grigia che aveva il nome commerciale di "pile de chartreux".
Il gatto certosino viene menzionato in diversi testi del XVIII secolo quale il "Dictionaire Universel du Commerce, d’Histoire Naturale e des Arts Metiers" di Savarry des Bruslon, ma se ne accenna solo per apprezzarne il bel pelo blu molto ricercato dai pellicciai. Nel 1756 Georges Louis Buffon ne fa invece una accurata descrizione nella sua "Histoire Naturelle" inserendolo tra le comuni razze di gatti e contestando la definizione di "catus ceruleus" che troviamo nella "Storia naturale" del grande naturalista Linneo, cioè di un gatto azzurro, mentre per Buffon il pelo del gatto in questione è decisamente grigio. Il testo di Buffon è arricchito da illustrazioni in bianco e nero; quella che raffigura il certosino mostra un gatto dal corpo corto, con naso largo, diritto e pelo più lungo e lanoso di quello dei gatti comuni.
La sua storia recente, quella che lo inserisce nella catofilia ufficiale, risale al 1925 quando le sorelle Leger, allevatrici di persiani, residenti per un breve periodo a Belle-Ile sur Mer un’isoletta a sud della Bretagna, furono colpite dalla bellezza di alcuni gatti blu che venivano nutriti e curati dai frati di un ospizio locale. Ve ne era un’intera colonia e corrispondevano alle descrizioni di Buffon. Decisero allora di recuperare la razza e, tornando in Francia, portarono con se diversi soggetti e iniziarono un programma di allevamento. Altri allevatori, soci del Club de Paris, cominciarono anch’essi a selezionare questi gatti ma, per rafforzare il colore degli occhi e la struttura, ibridarono con gatti persiani e british. Quest’ultimo incrocio causò nel dopoguerra un’assimilazione delle due razze con grave malcontento tra quegli allevatori che vedevano così annullare i loro sforzi per recuperare la bella e antica razza.
Fortunatamente non tutti si scoraggiarono e alcuni testardamente continuarono a lavorare sui pochi soggetti rimasti puri (senza british nel pedigree) fino a che, nel 1977 la FIFe riconobbe la diversità delle due razze. Fu definito uno standard e il certosino tornò ad occupare il suo posto nelle esposizioni e nel campionato.